El rechazo social al proyecto ha sido general, salvo en algunos casos donde la desesperación por el abandono y la miseria ha hecho que algunos alcaldes demandaran la pesada carga del cementerio.
El 23 de diciembre de 2009, el Ministerio de Industria, Turismo y Comercio (MITyC) puso en marcha oficialmente el proceso de búsqueda de municipios candidatos a albergar el cementerio nuclear centralizado para los residuos radiactivos de alta actividad de las centrales nucleares españolas y su centro de experimentación nuclear asociado.
La organización ecologista Greenpeace ha presentado una demanda en la Audiencia Nacional contra el proceso del ATC.
Según los ecologistas, a lo largo de 2010 ha quedado demostrado que los Proyectos Técnicos y los Estudios de Seguridad específicos del almacén nuclear y de su centro tecnológico asociado no existen, como tuvo que reconocer el Ministerio de industria ante la Audiencia Nacional en el recurso contencioso-administrativo interpuesto por Greenpeace contra el proceso del cementerio nuclear.
Además, Greenpeace recuerda que ha quedado claro que no hay ninguna urgencia para construir este ATC puesto que, como demuestran los informes periódicos del Consejo de Seguridad Nuclear al Congreso de los Diputados, hay varias centrales nucleares que aún tienen capacidad de almacenamiento para muchos años en sus piscinas de refrigeración de combustible gastado. Asimismo, en las centrales que ya no disponen de capacidad se ha optado por construir un Almacén Temporal Individualizado (ATI), casos de Trillo, Zorita (en desmantelamiento) y Ascó-1 y Ascó-2.
De los 8.114 municipios que actualmente existen en España tan solo ocho son candidatos para el "concurso del ATC". En todos ellos se ha generado una fuerte oposición con argumentos tan “cuerdos” como que el cementerio debe ir a los lugares que consumen energía producida.